그동안 해수부에서 수산업 진흥, 어촌 개발 등의 업무를 수행했으나, 차관급 외청으로 정책추진에 근본적 한계에 도달 할 수 있다는 우려다.
특히 법률 제·개정에 많은 시간이 소요될 것으로 보여 지며, 농업정책에 비해 수산정책은 후순위로 밀릴 수밖에 없다는 여론이 설득력을 얻고 있기 때문이다.
또 해양오염 예방정책과 수산자원 관리 간 연계부족으로 인해 어업인에게 직간접 피해가 유발될 수 있다.
이는 해양수산부 출범 이후 수산분야 특성을 반영한 정책을 독자적으로 수립·추진함으로써 어업인 지원을 확대하고 수산업의 자생력 확보에 기여했으며, 수산자원 회복 추진, 자율관리어업 정착 등을 통해 지속 가능한 어업 여건을 마련하고, 시장개방 협상에 적극 대응했다.
이는 지난 2005년 수산자원회복계획을 수립·시행하고, 소형기선저인망어선 등의 불법어업 근절시켰으며, 2003년 FTA 추진 로드맵을 수립해 본격적 협상을 개시하고 2004년 수산·업어촌 종합대책을 마련하는 등 FTA 지원 대책 차질 없이 이행한 것이 이를 뒷받침 한다.
또 수협 구조조정 등을 통해 수산업의 경영 여건을 공고화하고 신규 소득원 개발 및 수산물의 안전성 기반을 마련했으며, 농안기금에서 수산발전기금을 분리·확대하고 영어자금 확충, 어선원·어선 재해보상보험 지원, 어촌관광모델 개발 등 경영안정 지원책을 확대했으며, 수산물 직거래 지원, 자갈치시장 현대화 등 유통체계를 개선하고 수산물 이력추적제와 양식장 HACCP 도입 등 위생관리도 강화했다.
특히 주변국과의 어업협상에서 유리한 협상결과를 확보했고, 지속가능한 어업 여건 조성 및 수산경영 안정 기반이 확충됐다.
그러나 농업에 비해 상대적 비중이 작은 수산정책이 소외될 경우 농업과 수산업은 1차 산업이라는 개념적 공통점 외에는 조업환경, 경영기반, 경영형태 등이 달라 독자적 행정이 필요하며, 농가인구 및 농민단체 등의 규모·영향력 고려 시, 어업인 및 단체, 수산관련 언론 등의 의사반영 기회 축소는 불 보듯 뻔하다.(수산업은 종사자인구, GDP 비중 등의 측면에서 농업의 약 10%에 불과)
또 FTA 등의 대외 협상시 협상전략 카드로 수산분야 활용이 고려돼 수산분야 피해가 가중되며, 해양관광, 해양개발 등 타산업과 연계성이 약화되어 어업 외 소득 증대 등 어촌경제 활력에 부정적 영향이 예상되고 있다.
이는 그동안 추진되어온 갯벌체험, 바다낚시 등 해양·어촌관광 활동이 어촌계 단위의 숙박시설, 낚시선, 횟집 등과의 연계로 어촌경제 활성화에 기여한 것과 대조되는 정책이다.