혁신수준 평가는 혁신경쟁을 통한 혁신추진활성화를 목적으로 기획예산처에서 210개 전체 공공기관을 대상으로 매년 실시하고 있는 제도로, 이 중 정부산하기관은 5단계가 최고 수준이다.
공단은 2004년도에 3단계 수준에 머물렀으나, 2005년 한 해 동안 이사장을 중심으로 각고의 노력을 통해 전년대비 2단계 상승한 5단계로 평가를 받았으며 정부산하기관 경영평가 종합 1위에 이어서 혁신수준까지 정부산하기관 최고단계로 평가받음에 따라 명실상부한 혁신 선도기관으로서의 입지를 확보했다.
공단이 이처럼 높은 평가를 받게 된 것은 구체적인 혁신 실행계획 아래 이뤄진 구성원의 혁신역량개발, 그 동안 공단이 역점을 두고 강도 높게 추진한 BPM, 6시그마, 혁신마일리지 등 혁신 프로그램들의 유기 적이고 효율적인 운영, BSC와 신인사평가시스템을 통한 체계적인 성과관리 등이 좋은 평가를 받은 때문으로 분석된다.