협회는 지난해 10월 치러진 회장 선출과 관련, 선거 과정에서의 의혹이 난무하면서 내홍을 겪고 있다. 세종시내 70여 곳의 체육관 중 50여 곳 체육관 운영자로 구성된 지도자 협의회는 회장 선거와 관련해 문제를 제기, 현 집행부는 제기된 의혹 주장에 대해 정당성을 주장, 반박하고 있는 상황이다.

이로 인해 협회는 신임 회장을 선출하고 새로운 임원진을 임명했으나 내부 분열과 대립각은 계속되고 있다. 시시비비는 법에서 가려질 것으로 보인다.

앞서 낙선자 j씨는 당선자인 k회장에 대해 대전지방법원에 선거에 대한 행정 직무정지 가처분신청을, 시 태권도 협회에는 선거무효 소송을 제기했다. 또 협회 자체 선거관리 위원장과 체육관을 운영하는 한 관장을 각각 명예훼손과 강요죄, 업무방해죄로 고소했다.