1963년 대전에서 충청남도시청각교육원으로 업무를 시작한 충남교육청과학교육원은 충청남도교육연구원, 충청남도학생과학관, 충청남도교육과학연구원, 충청남도과학교육원, 충청남도교육청과학교육원으로 기관명을 변경하며 47년간 충남과학교육을 이끄는 임무를 수행해 왔다.

신축 과학교육원은 2012년 11월에 이전 건립을 확정 됐으며 1만2800평의 부지에 지하 1층, 지상 3층 규모로 완공됐다.

과학체험 공간으로는 유아과학관, 기초과학Ⅰ관, 기초과학Ⅱ관, 첨단융합과학관, 생명지구환경관 5개의 체험관과 천체 망원경으로 별자리를 관찰하는 천체관측실과 과학․수학적 상상력을 맘껏 펼쳐보는 상상이룸공작실 등 18개 체험프로그램을 구성 됐다.

충남교육청과학교육원 한상경 원장은 환영사에서 “충남과학교육이 더 발전하고, 학생들이 상상력과 창의력을 발현함으로써 미래사회를 이끄는 인재로 성장할 수 있도록 전 직원이 일치단결해 노력할 것을 약속드린다”고 말했다.

김지철 교육감은 “충남교육청과학교육원이 학생들을 대상으로 하는 교육프로그램 운영으로 대한민국 과학교육원 운영의 새로운 모델을 제시하고, 주말 개방으로 지역사회 과학문화센터로서의 역할을 수행해 나가며 생활 속 과학활동이 정착될 수 있도록 물심양면으로 지원해 나가도록 하겠다”고 말했다.